Seura järjestää meriarkeologian koulutusta, kenttätyöleirejä ja seminaareja. Lisäksi seuralla on julkaisutoimintaa. Seuran toiminta tapahtuu tyypillisesti yhteistyössä kumppaneiden kanssa, joita ovat mm. Nautical Archaeology Society (koulutus), Museovirasto (kenttätyöt), Suomen Merihistoriallinen yhdistys (Merihistorian päivät) ja Tieteellisten seurain valtuuskunta (julkaisutoiminta).

Kaikessa toiminnassa huomioidaan turvallisuus, tämä korostuu varsinkin kenttätyöleirien yhteydessä. Seuran toimintaan osallistuvien edellytetään perehtyvän ja noudattavan turvallisuuteen liittyviä ohjeita.